La diagnostica citologica e istologica , si avvale di due ampi laboratori in cui operano tre tecniche esperte.
La strumentazione disponibile è costituita da due inclusori automatici a ciclo continuo sottovuoto per la disidratazione e l'impregnazione dei tessuti con paraffina; per l'nclusione in paraffina ci si avvale di due dispensatori automatici; per la sezione dei blocchetti in paraffina sono disponibili due microtomi rotativi di cui uno semiautomatico.
Sono installati due criostati per gli esami intraoperatori.
Per le preparazioni citologiche vengono usati : un sistema di filtrazione sottovuoto, una centrifuga convenzionale e una citocentrifuga; per la colorazione vengono utilizzati due coloratori automatici sottovuoto.
Per la lettura dei preparati cito-istologici sono disponibili quattro microscopi, uno con tubo da discussione a due vie, uno con macchina fotografica e uno con telecamera per l'archiviazione e per la trasmissione dei dati a distanza.
I campioni su cui si richiedono esami istologici vengono di norma fissati da chi effettua il prelievo con formalina al 10%.
Per la citologia è impiegata la fissazione con alcool etilico al 50%, la fissazione a secco e i fissativi spray.
La colorazione standard per l'istologia è l'ematossilina/eosina e per la citologia il Papanicolaou e il May-Grunwald-Giemsa.
Si eseguono correntemente, su richiesta del patologo che esamina il caso, colorazioni speciali istologiche e istochimiche. Tutti i casi di stadiazione per carcinoma della mammella sono completati con la caratterizzazione biologica del tumore: vengono testati e refertati i recettori per estrogeni e progesterone e la determinazione della frazione di cellule proliferanti; vengono inoltre eseguite indagini con c-erb B2, bcl2, p53 e Hercep Test.
Nelle malattie linfoproliferative si testano i "clusters differentiation (CD) markers" appropriati per fornire informazioni sulle caratteristiche fenotipiche delle cellule neoplastiche. In tutti i tumori con differenziazione endocrina si tenta di caratterizzare l'eventuale produzione ormonale; nelle lesioni metastatiche e nei tumori rari si testano antigeni organo-specifici e marcatori tumorali per fornire elementi oggettivi di primitività o di derivazione/differenziazione.
Vengono effettuate indagini di ibridazione in situ per il papilloma virus umano (HPV).

Per ogni prestazione effettuata viene redatto un referto dettagliato dove compaiono gli elementi anagrafici del paziente, il reparto di provenienza e la diagnosi finale con eventuale descrizione macroscopica e microscopica e l'indicazione e la firma del responsabile della struttura.
La stadiazione delle neoplasie viene sempre esplicitata secondo il pTNM.